Взаимодействие между исполнителями Программы осуществляет Министерство здравоохранения Республики Мордовия.
Министерство здравоохранения Республики Мордовия для осуществления текущего управления создает комиссию, возглавляемую первым заместителем Министра здравоохранения Республики Мордовия, ответственным за реализацию Программы.
В ходе реализации Программы Министерство здравоохранения Республики Мордовия обеспечивает координацию деятельности основных исполнителей, осуществляет контроль за ходом реализации мероприятий и эффективным использованием выделенных средств.
Министерство здравоохранения Республики Мордовия ежеквартально отчитывается в Министерство экономики Республики Мордовия о ходе выполнения Программы в соответствии с действующим законодательством, ежегодно готовит доклад о ходе реализации Программы в Правительство Республики Мордовия и Министерство здравоохранения Российской Федерации.
Министерство экономики Республики Мордовия с участием Министерства финансов Республики Мордовия организует экспертные проверки хода реализации Программы.