Органом управления и оперативным распределителем средств фонда является дирекция фонда, которая является структурным подразделением Министерства архитектуры и строительства Республики Мордовия. Дирекция фонда создается в пределах утвержденной штатной численности министерства. Положение о дирекции, структура и состав утверждаются Правительством Республики Мордовия.
Дирекция фонда согласно заявкам министерств и ведомств формирует сводные годовые заявки на получение средств фонда, осуществляет систематический контроль за использованием этих средств и несет ответственность за их правильное расходование.