Реализация программы осуществляется управлением сельского хозяйства правительства области.
Выполнение мероприятий программы осуществляется на основе заключенного правительством области с Министерством сельского хозяйства Российской Федерации соглашения о реализации мероприятий Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2008 - 2012 годы, утвержденной Постановлением Правительства Российской Федерации от 14 июля 2007 г. N 446.
Нормативы и порядок предоставления субсидий за счет средств областного бюджета устанавливаются правительством области.
Объем финансирования программы может ежегодно корректироваться с учетом возможностей бюджетов.