Государственным заказчиком, возглавляющим управление реализацией Программы, является Министерство труда и социального развития Российской Федерации.
Оперативное управление Программой (исполнительские функции) осуществляет Министерство труда и социального развития Российской Федерации.
Финансирование Программы за счет средств федерального бюджета осуществляется исходя из бюджетной заявки на очередной финансовый год, представленной государственным заказчиком и принятой с учетом возможностей бюджета, потребностей Программы и необходимости продолжения ранее начатых работ.
Объемы бюджетного финансирования конкретных работ в рамках Программы определяются государственными контрактами (договорами), заключаемыми Министерством труда и социального развития Российской Федерации с организациями-исполнителями в соответствии с установленным порядком.
Министерство труда и социального развития Российской Федерации заключает также государственный контракт с Фондом социального страхования Российской Федерации, подтверждающий объем и сроки финансирования Фондом мероприятий Программы, и сообщает об этом в Министерство финансов Российской Федерации и Министерство экономики Российской Федерации.
Государственный контракт является основным документом, определяющим права и обязанности сторон по финансовому обеспечению и выполнению заданий Программы.
Министерство труда и социального развития Российской Федерации ежегодно, до 1 февраля, представляет в Министерство экономики Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации и Министерство науки и технологий Российской Федерации доклады о ходе работ по Программе и об эффективности использования финансовых средств.
Отчеты о ходе выполнения мероприятий Программы ежегодно заслушиваются на заседаниях Межведомственной комиссии по охране труда, Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.