Для организации управления Программой и контроля за ходом ее реализации требуется создание гибкой структуры, обеспечивающей сочетание интересов Российской Федерации и Удмуртской Республики, отраслевого и территориального, стратегического и тактического управления. Такая структура включает в себя администрацию Программы и фонд реализации Программы.
Администрация состоит из коллегии и исполнительного органа дирекции Программы. Состав коллегии формируется из представителей экономических и отраслевых органов управления Российской Федерации и Удмуртской Республики. Такой подход позволяет согласовывать федеральные и республиканские, территориальные и отраслевые интересы. Коллегия готовит рекомендации по экономическому, организационному и правовому механизму исполнения Программы, рассматривает и координирует отдельные подпрограммы, утверждает планы распределения ресурсов по направлениям и проектам.
Особая роль в выполнении Программы принадлежит фонду ее реализации, который представляет собой акционерное общество закрытого типа, учрежденное Правительством Российской Федерации и Правительством Удмуртской Республики в лице соответствующих органов управления государственным имуществом с равными долями в его уставном капитале. Являясь самостоятельным юридическим лицом, наделенным полномочиями финансового агента двух правительств, фонд имеет широкие возможности для аккумуляции и направления на выполнение Программы бюджетных и внебюджетных средств, а также средств, полученных за счет собственной деятельности в различных сферах предпринимательства. В то же время он полностью подконтролен администрации Программы: в структуре дирекции формируются ревизионные службы, а генеральный директор по должности является одновременно председателем правления фонда. Здесь также реализован принцип разделения функций. Дирекция по отношению к фонду является направляющим и контролирующим органом, а последний - исполняющим на практике финансовые планы Программы.