Цели, перечисленные выше, определяют две сферы деятельности системы:
2.1. Внутритерриториальная деятельность - функции комплекса на территориальном уровне заключаются в представлении данных о распространении туберкулеза в территории и эффективности работы территориальной противотуберкулезной службы для внутреннего анализа и выработки собственных управленческих решений.
2.2. Межтерриториальная деятельность - проведение обобщенного анализа о распространении туберкулеза в России и эффективности работы противотуберкулезной службы в целом для получения прогноза развития эпидситуации по туберкулезу и оценки потребностей службы; обеспечение возможности использования информации, хранящейся в базах данных для эпидемиологических и медикоэкологических исследований на федеральном и международном уровнях.