Отдел в соответствии с возложенными на него задачами выполняет следующие основные функции;
3.1. Разрабатывает в пределах своей компетенции:
- программы развития авиационных подразделений в подведомственном управлению регионе;
- проекты ненормативных правовых актов управления по вопросам использования и эксплуатации воздушных судов в интересах таможенных органов;
- систему мер по обеспечению безопасности полетов воздушных судов, по профилактике и предупреждению авиационных происшествий и инцидентов.
3.2. Обеспечивает:
- использование воздушных судов в борьбе с контрабандой и для организации пресечения иных преступлений в сфере таможенного дела;
- сбор, обобщение и анализ деятельности авиационных подразделений по использованию воздушных судов при решении оперативно-служебных задач.
3.3. Контролирует:
- выполнение экипажами воздушных судов, авиационными подразделениями, авиационными специалистами законодательства Российской Федерации по вопросам использования воздушных судов;
- состояние готовности и исправности воздушных судов;
- соблюдение мер безопасности при выполнении полетов, правил и норм эксплуатации воздушных судов.
3.4. Организует:
- деятельность авиационных подразделений, воздушных судов и авиационных специалистов;
- использование воздушных судов в интересах таможенных органов;
- осуществление мероприятий по всем видам обеспечения воздушных судов и их экипажей, авиационных подразделений и авиационных специалистов;
- доведение в пределах полномочий отдела задач, поставленных ГТК России, до авиационных подразделений;
- подготовку, переподготовку и повышение квалификации должностных лиц авиационных подразделений;
- медицинское освидетельствование и предполетный медицинский контроль экипажей воздушных судов для допуска к полетам;
- обеспечение авиационных подразделений и экипажей воздушных судов учебными пособиями, авиационными и топографическими картами, специальной авиационной литературой и бланковыми материалами;
- использование учебно-материальной базы;
- выполнение мероприятий по предупреждению аварийности воздушных судов и соблюдению экипажами воздушных судов и авиационными специалистами мер техники безопасности;
- комплектование совместно с заинтересованными подразделениями ГТК России авиационных подразделений авиационными специалистами и экипажами воздушных судов;
- разработку и издание методических рекомендаций и пособий по вопросам, касающимся задач и функций отдела;
- совместно с авиационным отделом РТУ ТО приемку от промышленности воздушных судов, их опытную эксплуатацию, проверку качества выполнения заказа.
3.5. Готовит предложения:
- о комплектовании авиационных подразделений воздушными судами, экипажами и авиационными специалистами;
- об организации взаимодействия с аналогичными структурами других ведомств и организаций при обеспечении защиты экономических интересов государства в пределах подведомственной управлению территории;
- о штатных расписаниях, о создании, организации, обеспечении деятельности авиационных подразделений и использовании воздушных судов;