Основными задачами отдела являются:
2.1. Реализация в пределах своей компетенции в подведомственном управлению регионе мер, направленных на обеспечение экономической безопасности Российской Федерации.
2.2. Обеспечение в пределах своей компетенции в подведомственном управлению регионе защиты экономических интересов Российской Федерации.
2.3. Организация безопасной эксплуатации, технического обслуживания, базирования и ремонта воздушных судов.
2.4. Обеспечение и координация деятельности авиационных подразделений, экипажей воздушных судов, а также руководство ею и контроль за ней.
2.5. Осуществление деятельности авиационных подразделений в подведомственном управлению регионе по обеспечению мероприятий, направленных на борьбу с контрабандой и иными преступлениями в сфере таможенного дела, с нарушениями таможенных правил.