Программа реализуется на основе проектов, предусматривающих осуществление комплекса научных исследований, разработок и других мероприятий, обеспечивающих получение новых знаний, решение научно-технических проблем или достижение конкретного конечного результата научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ (получение нового вида продукции, технологии, материала). Указанные конкретные цели определяются по каждой подпрограмме в виде направлений исследований, проблем, требующих решения, или конкретных объектов с учетом перспективных государственных нужд для перехода производственного комплекса на новые технологические уклады. Эти цели формируются с участием федеральных органов исполнительной власти и научной общественности и предусматриваются в программных мероприятиях, утверждаемых Государственным комитетом Российской Федерации по науке и технологиям. По мере повышения инновационной активности в программных мероприятиях должна быть усилена ориентация на создание технологий для возрастающих потребностей производства. Проекты и их исполнители отбираются на конкурсной основе с привлечением экспертов. Отбор проектов осуществляется исходя из задач и критериев, определенных в соответствии с приоритетными направлениями развития науки и техники и критическими технологиями, утвержденными Правительственной комиссией по научно-технической политике.
Реализация Программы осуществляется на основе государственных контрактов (договоров), заключаемых Государственным комитетом Российской Федерации по науке и технологиям в качестве государственного заказчика с исполнителями программных мероприятий, отбираемых на конкурсной основе.
Государственный контракт (договор) определяет права и обязанности государственного заказчика и исполнителя, регулирует их отношения в процессе выполнения контракта (договора), в том числе определяет условия и права на использование полученных результатов, и предусматривает контроль государственным заказчиком хода работ по выполнению этого контракта, порядок приемки завершенных работ.
Контрактная система будет вводиться поэтапно, по мере практической отработки процедуры конкурсного отбора и апробации ограниченного числа контрактов на различные виды научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, разработки нормативных и методических материалов и необходимой законодательной базы.
Государственный комитет Российской Федерации по науке и технологиям с участием научных советов по подпрограммам:
с учетом предложений соответствующих федеральных органов исполнительной власти определяет структуру подпрограмм и их состав в виде конечных и промежуточных целей, сроки их достижения, заказчиков выполнения научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, перечень научно-технических проблем, решение которых необходимо для выполнения подпрограммы;
производит оценку объемов финансовых ресурсов, необходимых для реализации Программы, подпрограмм и отдельных проектов;
в соответствии с объемами выделенных бюджетных средств распределяет их по исполнителям проектов;
осуществляет регулярный контроль за целевым и эффективным использованием выделенных бюджетных средств, проводит аудиторские проверки организаций-исполнителей независимо от их ведомственной подчиненности, организационно-правовой структуры и форм собственности;
организует проведение конкурсов и экспертизу проектов по Программе, поручая ее специально создаваемым экспертным группам, привлекая для этих целей Республиканский исследовательский научно-консультационный центр экспертизы и другие организации;
организует приемку завершенных работ по Программе и подготовку рекомендаций о дальнейшем использовании результатов этих работ;
совместно с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти и организациями разрабатывает и осуществляет мероприятия по формированию рынка научно-технической продукции, включая изучение внутреннего и внешнего спроса на научные исследования и разработки, создание системы экономической заинтересованности в их использовании и механизма защиты интеллектуальной собственности, а также развитие необходимой рыночной инфраструктуры.
Научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, выполненные в рамках Программы, в установленном порядке регистрируются во Всероссийском научно-техническом информационном центре.