Реализация Программы обеспечивается Государственным комитетом Российской Федерации на науке и технологиям как государственным заказчиком на основе межотраслевой координации исполнителей Программы и взаимодействия с соответствующими федеральными органами исполнительной власти, отвечающими за развитие закрепленных за ними отраслей производства и сфер деятельности, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации.
Текущее управление и координация работ по Программе осуществляются специалистами Государственного комитета Российской Федерации по науке и технологиям и дирекцией Программы, которая содержится в установленном порядке за счет средств, выделяемых на реализацию Программы.
Научное руководство осуществляют научные советы по подпрограммам, утверждаемые Государственным комитетом Российской Федерации по науке и технологиям, в состав которых включаются ведущие ученые, представители Государственного комитета Российской Федерации по науке и технологиям, заинтересованных федеральных органов исполнительной власти, организаций и предприятий. Научные советы осуществляют выбор научно-технических решений, оценивают научный и технический уровень выполняемых по Программе работ, полноту и комплексность мероприятий, необходимых для достижения целей подпрограммы, а также участвуют в проведении экспертизы проектов, распределении средств по исполнителям проектов, приемке завершенных работ и подготовке рекомендаций о дальнейшем использовании результатов этих работ.
Контроль за исполнением Программы осуществляется Государственным комитетом Российской Федерации по науке и технологиям, который рассматривает промежуточные и окончательные итоги работы по проектам Программы совместно с соответствующими научными советами с привлечением научной общественности и экспертов для оценки научного и технического уровня созданных новшеств, их экономической и социальной эффективности. Результаты выполненных по Программе работ принимаются заказчиками в установленном порядке.
Ход выполнения Программы и входящих в ее состав подпрограмм периодически рассматривается на заседаниях коллегии Государственного комитета Российской Федерации по науке и технологиям, в подготовке которых принимают участие заинтересованные федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, научные советы, исполнители и заказчики.
С учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств Государственный комитет Российской Федерации по науке и технологиям по согласованию с исполнителями уточняет целевые показатели, в том числе включение или исключение подпрограмм, затраты по программным мероприятиям, механизм реализации Программы, состав исполнителей.
Государственный комитет Российской Федерации по науке и технологиям как государственный заказчик Программы представляет в Государственный комитет Российской Федерации по статистике статистическую отчетность по ее реализации.
Ежегодно, до 1 февраля, Государственный комитет Российской Федерации по науке и технологиям направляет в Министерство экономики Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации доклады о ходе работ по Программе и об эффективности использования финансовых средств.