Государственный заказчик Программы - Федеральная служба России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, Министерство экономики Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации, Государственный комитет Российской Федерации по науке и технологиям осуществляют функции управления реализацией Программы и контроля за ходом ее выполнения в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594.
Функционирование информационной системы об изменении климата и влиянии на него антропогенных факторов и системы наблюдений за парниковыми газами и аэрозолями в атмосфере обеспечивается Федеральной службой России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды. Функционирование информационно-аналитической системы сбора и статистического учета данных об источниках и поглотителях парниковых газов, их выбросах, поглощении и влиянии на процессы глобального потепления обеспечивается Государственным комитетом Российской Федерации по статистике в части источников и поглотителей, а в части эмиссии, стока и влияния на глобальные процессы потепления климата - Федеральной службой России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды. Мероприятия по предотвращению опасных изменений климата и адаптация экономики осуществляются в соответствующих отраслях.
Федеральная служба России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды осуществляет организационно-методическое, программно-математическое и научно-информационное обеспечение Программы в целом.
В координации работ министерств и ведомств Российской Федерации по реализации Программы участвует Межведомственная комиссия Российской Федерации по проблемам изменения климата в пределах ее компетенции, установленной постановлением Правительства Российской Федерации от 19 апреля 1994 г. N 346.