Потребности в финансовых ресурсах для осуществления Программы в 1997-2000 годах составляют 239,4 млрд. рублей, в ценах 1996 года, в том числе 171,4 млрд. рублей из федерального бюджета и 68 млрд. рублей из внебюджетных источников (в рамках двусторонних международных проектов по осуществлению Конвенции).
Средства на выполнение основных работ и исследований по Программе выделяются из федерального бюджета целевым назначением основным разработчикам и исполнителям Программы по согласованию с государственным заказчиком.
Финансирование из внебюджетных источников обеспечивается за счет реализации международных проектов по совместному осуществлению мероприятий с государствами - Сторонами Конвенции. Отбор проектов осуществляется Межведомственной комиссией Российской Федерации по проблемам изменения климата.