Управление реализацией Программы осуществляется Министерством здравоохранения Российской Федерации.
Министерство здравоохранения Российской Федерации, Министерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации ежегодно в установленном порядке направляют информацию о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств в Министерство экономики Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации.