Государственным заказчиком работ по Программе является Министерство Российской Федерации по атомной энергии. Оперативное руководство работами осуществляет дирекция, создаваемая государственным заказчиком Программы.
Финансирование работ по Программе производится из федерального бюджета целевым назначением через государственного заказчика, который осуществляет организацию, координацию и контроль работ по реализации Программы.
Государственный заказчик с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм ее реализации и исполнителей основных мероприятий Программы.
Все мероприятия Программы осуществляются в рамках международного сотрудничества по разработке технического Проекта ИТЭР в соответствии с Соглашением, подписанным 21 июля 1992 г.