Государственное управление КМВ осуществляет администрация КМВ.
Руководитель администрации КМВ назначается Президентом Российской Федерации по представлению главы администрации Ставропольского края и является заместителем главы этой администрации.
Администрация КМВ подотчетна администрации Ставропольского края и краевому Совету народных депутатов.
Администрация КМВ в соответствии с настоящим Положением, законодательством Российской Федерации, основными направлениями эколого-градостроительной концепции, территориальной комплексной схемой и программой охраны природы КМВ несет ответственность за недобросовестное осуществление своих полномочий.
Структура администрации КМВ утверждается главой администрации Ставропольского края по представлению руководителя администрации КМВ в соответствии со схемой управления краем.
Штатное расписание администрации КМВ утверждается руководителем администрации КМВ в пределах установленного главой администрации Ставропольского края фонда оплаты труда работников администрации КМВ.
Администрация КМВ является юридическим лицом, имеет гербовую печать со своим наименованием, расчетный счет в учреждении банка.