Государственным заказчиком Программы является Государственный комитет Российской Федерации по охране окружающей среды, который в случае необходимости в установленном порядке может передавать осуществление части функций государственного заказчика органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации, на территории которых реализуются мероприятия Программы.
Мероприятия Программы, связанные с реализацией пилотных проектов по переработке и обезвреживанию отходов, реализуются только при наличии положительного заключения государственной экологической экспертизы.
Текущее управление Программой осуществляется дирекцией, формируемой государственным заказчиком.
Для координации и контроля выполнения Программы учреждается наблюдательный совет, в состав которого войдут специалисты Государственного комитета Российской Федерации по охране окружающей среды, Министерства природных ресурсов Российской Федерации, Министерства экономики Российской Федерации, Министерства финансов Российской Федерации, Министерства топлива и энергетики Российской Федерации, Министерства строительства Российской Федерации, Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации, Министерства здравоохранения Российской Федерации, Министерства оборонной промышленности Российской Федерации, Министерства промышленности Российской Федерации, Государственного комитета Российской Федерации по науке и технологиям, других заинтересованных министерств и ведомств, а также представители субъектов Российской Федерации, научных, финансовых и общественных организаций.
На основании показателей Программы и анализа хода выполнения программных мероприятий государственный заказчик ежегодно подготавливает бюджетные заявки на ассигнования из федерального бюджета для финансирования указанной Программы и направляет их в Министерство экономики Российской Федерации.
Государственный заказчик Программы заключает договоры с учетом выделенных лимитов с субъектами Российской Федерации, местными органами власти, Федеральным экологическим фондом Российской Федерации, региональными и местными экологическими фондами и предприятиями.
Источником финансирования мероприятий Программы могут быть целевые кредиты коммерческих банков, предоставляемые под государственные гарантии.
Министерство экономики Российской Федерации с участием Министерства финансов Российской Федерации, Государственного комитета Российской Федерации по охране окружающей среды, заинтересованных министерств и ведомств, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и региональных природоохранных органов организует экспертные проверки хода реализации Программы. При этом главное внимание уделяется срокам и объемам выполнения программных мероприятий и заданий, целевому и эффективному использованию выделенных средств.
По результатам экспертных проверок подготавливается заключение и предложения о продолжении работ и финансировании Программы, о продлении сроков и по другим вопросам реализации мероприятий Программы.
Государственный заказчик Программы ежегодно направляет в Министерство экономики Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации доклады о ходе реализации мероприятий и эффективности использования финансовых средств.