Управление в соответствии с возложенными на него задачами выполняет следующие функции:
3.1. Разрабатывает и осуществляет меры по выявлению, предупреждению и пресечению устремлений криминальных сообществ и отдельных лиц, подготавливающих преступные акции в отношении сил и средств таможенных органов Российской Федерации.
3.2. Организует и проводит совместно с другими таможенными подразделениями предупредительно-профилактические мероприятия, направленные на устранение причин и условий, способствующих должностным и иным правонарушениям со стороны сотрудников таможенных органов Российской Федерации.
3.3. Участвует совместно с РТУ по БТП в разработке и проведении специальных мероприятий по обеспечению физической защиты сотрудников таможенных органов, членов их семей и лиц, оказывающих конфиденциальное содействие, от преступных посягательств на жизнь и здоровье.
3.4. Рассматривает письма, жалобы и заявления физических и юридических лиц, сотрудников таможенных органов по вопросам, отнесенным к компетенции Управления.
3.5. Самостоятельно либо совместно с другими правоохранительными органами осуществляет оперативно-розыскные мероприятия и участвует в расследовании по уголовным делам, возбужденным в отношении должностных лиц таможенных органов Российской Федерации, совершивших противоправные деяния.
3.6. Координирует деятельность и организует взаимодействие с подразделениями таможенных и других правоохранительных органов Российской Федерации при проведении специальных мероприятий по обеспечению собственной безопасности таможенных органов Российской Федерации.
3.7. Содействует и контролирует соблюдение правил конспирации, обеспечение законности, соблюдение прав и свобод должностных лиц и граждан в процессе оперативно-розыскной деятельности, проводимой оперативными подразделениями таможенных органов, наделенными правом такой деятельности.
3.8. Осуществляет изучение и анализ оперативной обстановки по основным линиям работы таможенных органов Российской Федерации в целях выработки мер, направленных на повышение эффективности их функционирования.
3.9. Руководит оперативно-розыскной деятельностью подразделений СБ таможенных органов Российской Федерации, осуществляет контроль за ее проведением, оказывает методическую и практическую помощь.
3.10. Участвует в подготовке нормативных актов, регламентирующих организацию и тактику оперативно-розыскной деятельности в таможенных органах Российской Федерации, а также другие вопросы, относящиеся к компетенции Управления.
3.11. Осуществляет ведение секретного делопроизводства в соответствии с нормативными актами ГТК России. Участвует в разработке методологии обеспечения сохранности государственной тайны в таможенных органах Российской Федерации и контроле выполнения должностными лицами таможенных органов инструкций по обеспечению сохранности сведений, составляющих государственную и служебную тайну.
3.12. Участвует в разработке системы мер в целях физической и технической защиты объектов таможенной инфраструктуры, сохранности оружия, боеприпасов и специальных средств. Осуществляет контроль за выполнением этих мер.
3.13. Участвует в обеспечении безопасности таможенных делегаций и групп, выезжающих в служебные заграничные командировки. Выявляет факты нарушений установленного порядка выезда должностных лиц за пределы Российской Федерации.
3.14. Оказывает помощь Управлению кадров и учебных заведений в разработке мер, направленных на совершенствование подбора и проверки кандидатов на работу в таможенные органы Российской Федерации. В пределах своей компетенции контролирует деятельность по подбору и изучению кадров.