Основными задачами ЦТЛ являются:
2.1. Организация и совершенствование экспертного обеспечения в сфере таможенного дела в Российской Федерации.
2.2. Проведение экспертиз и исследований товаров в таможенных целях.
2.3. Руководство, обеспечение, координация и контроль за деятельностью таможенных лабораторий.
2.4. Совершенствование правового регулирования и методического обеспечения деятельности таможенных лабораторий.
2.5. Обеспечение таможенных лабораторий лабораторным химико-аналитическим оборудованием.
2.6. Организация и проведение прикладных научных исследований и разработок по проблемам экспертного, методического и технического обеспечения таможенного дела.