совершенствует организационную структуру управления, вносит в Правительство Российской Федерации предложения по созданию, реорганизации и ликвидации железных дорог;
устанавливает границы железных дорог и отделений железных дорог;
осуществляет создание, реорганизацию и ликвидацию предприятий федерального железнодорожного транспорта (кроме железных дорог), основанных на праве хозяйственного ведения, связанных с организацией и обеспечением перевозочного процесса, в том числе входящих в состав железных дорог, а также учреждений, основанных на праве оперативного управления;
осуществляет по согласованию с органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации прекращение деятельности (закрытие) железнодорожных линий;
утверждает уставы железных дорог, а также уставы и положения других предприятий и учреждений федерального железнодорожного транспорта, определяет порядок утверждения уставов предприятий и учреждений, входящих в состав железных дорог;
ведет в установленном порядке отраслевой реестр федеральной собственности, закрепленной за подведомственными предприятиями и учреждениями;
разрешает безвозмездную передачу основных фондов с баланса на баланс предприятий и учреждений федерального железнодорожного транспорта;
осуществляет закрепление имущества в хозяйственное ведение и оперативное управление за предприятиями и учреждениями федерального железнодорожного транспорта, контролирует его сохранность и эффективное использование;
дает согласие предприятиям и учреждениям федерального железнодорожного транспорта на продажу, сдачу в аренду или распоряжение иным способом закрепленным за ними недвижимым имуществом, находящимся в федеральной собственности, без права изменения формы собственности на это имущество;
организует работу по продаже, обмену, сдаче в аренду, предоставлению безвозмездно во временное пользование, списанию с баланса или иному распоряжению подвижным составом и контейнерами, находящимися в федеральной собственности;