Источниками финансирования Программы являются средства федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации, местных бюджетов, других источников (средства предприятий, отечественных и зарубежных инвесторов, населения и другие).
Общий объем финансирования Программы на период ее реализации в 1997-2005 годах составляет 64252,8 млрд. рублей, в том числе из федерального бюджета - 22140,4 млрд. рублей, из бюджетов субъектов Российской Федерации - 26502 млрд. рублей, из местных бюджетов - 13245 млрд. рублей, других источников - 2365,4 млрд. рублей.
Объемы и источники финансирования Программы определены по видам ассигнований, необходимых для реализации программных мероприятий (таблица 4).
Основные объемы ассигнований составляют капитальные вложения, необходимые для поддержки кризисных и деградирующих городских поселений в части градообразующей базы, социальной сферы, окружающей среды, формирования информационной инфраструктуры управления: 1997 год - 4120 млрд. рублей, 1997-2005 годы - 34326 млрд. рублей.
Прочие текущие расходы, необходимые для поддержки предпринимательства и формирования рыночной инфраструктуры, обеспечения занятости населения, функционирования объектов социальной сферы, передаваемых на баланс городских поселений, координационно-организационного и информационного обеспечения Программы, составляют в 1997 году - 3224,9 млрд. рублей, в 1997-2005 годах - 29890,5 млрд. рублей.
Ассигнования на научно-исследовательские работы, необходимые для научно-методического, нормативно-правового и иного программного обеспечения, составляют в 1997 году - 4,2 млрд. рублей, в 1997- 2005 годах - 36,3 млрд. рублей.
В 1997 году на реализацию Программы необходимо выделить по всем источникам финансирования 7349,1 млрд. рублей, в том числе из федерального бюджета - 2574,6 млрд. рублей, из бюджетов субъектов Российской Федерации и местных - 4694,5 млрд. рублей, из других источников - 80 млрд. рублей. Прежде всего необходимо профинансировать первоочередные мероприятия, обеспечивающие жизнеспособность отдельных городов (ликвидация и предотвращение аварийных ситуаций, текущее финансирование, ремонт и строительство отдельных объектов социальной сферы и инженерной инфраструктуры: школ, детских садов, больниц, котельных, дорог, объектов связи, коммунального хозяйства и т.п.).
Состав конкретных работ и объемы их финансирования определяются ежегодно государственным заказчиком Программы, региональными и местными органами ее управления, исходя из необходимости реализации основных программных мероприятий.
Отдельные проекты Программы представляются на инвестиционные конкурсы на основе бизнес-планов. На начальном этапе предпочтение отдается быстроокупаемым коммерческим проектам.
Следует широко практиковать включение отдельных мероприятий Программы в перечень проектов, реализуемых по линии "связанных" иностранных кредитов типа "Гермес", а также представление соответствующих проектов Программы для реализации с использованием конверсионных кредитов.
Программа ориентирована на привлечение финансовых ресурсов различных общероссийских фондов и координацию их использования, оказание помощи в привлечении инвестиций, в том числе иностранных.