Среди множества рисков реализации подпрограммы следует выделить следующие:
- риск незаключения договоров на поставку нового оборудования вследствие резкого сокращения взаимодействия предприятий электроэнергетики, институтов-разработчиков и предприятий - изготовителей оборудования энергетического машиностроения, вызванного полным прекращением государственной поддержки развития энергетического машиностроения;
- нежелание предприятий электроэнергетики финансировать НИОКР по созданию инновационных продуктов за счет собственных ресурсов из-за длительного времени, необходимого для отработки новых механизмов;
- усложнение системы управления и контроля мероприятий, направленных на реализацию подпрограммы, рост издержек управления инвестиционными проектами по развитию энергетического машиностроения;
- неэффективность использования предприятиями электроэнергетики нового оборудования энергетического машиностроения;
- недостаточность бюджетных средств для решения поставленных задач, длительный срок отбора и освоения инновационных технологий, снижение эффективности при росте сложности поставленных задач, формализация инновационного процесса, сужение базы для долгосрочного развития.