Механизм реализации Программы предусматривает, что на стадии ее разработки планируемые объемы производства сельскохозяйственной продукции и развития мелиоративного фонда по субъектам Российской Федерации предлагается формировать на основе предложений высшего органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации.
После согласования целевых индикаторов и показателей Программы с учетом определенных объемов по всем источникам финансирования формируется перечень первоочередных объектов капитального строительства Программы, находящихся в федеральной собственности. Формирование перечня строек и объектов для федеральных государственных нужд, финансируемых за счет государственных капитальных вложений, предусмотренных на реализацию Программы, осуществляется государственным заказчиком с учетом предложений федеральных государственных бюджетных учреждений по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению, выполняющих функции заказчиков строительства и реконструкции строек и объектов, находящихся на их балансе или в оперативном управлении.
Государственный заказчик по результатам интегральной оценки представленных указанными федеральными государственными бюджетными учреждениями обосновывающих материалов, характеризующих экономическую и социально-экологическую эффективность, а также инвестиционную привлекательность объекта, предлагаемого к строительству, реконструкции и техническому перевооружению, формирует перечень объектов капитального строительства Программы.
Исполнитель научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ определяется в соответствии с законодательством Российской Федерации о размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг по результатам размещения государственного заказа на выполнение научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ за счет ассигнований федерального бюджета или консолидированных бюджетов субъектов Российской Федерации с последующим заключением государственного контракта (договора).
Финансирование мероприятий Программы за счет ассигнований федерального бюджета по направлению "прочие расходы" осуществляется государственным заказчиком на основании соглашений о реализации мероприятий Программы, заключаемых с высшим исполнительным органом государственной власти субъекта Российской Федерации только на условиях софинансирования. Соглашения предусматривают обязательства субъектов Российской Федерации по финансированию мероприятий Программы за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований и привлеченных внебюджетных средств, а также по выполнению субъектами Российской Федерации показателей мероприятий Программы. Субъекты Российской Федерации на основе Программы разрабатывают и утверждают региональные программы развития мелиорации земель сельскохозяйственного назначения на 2014-2020 годы.
Порядок и условия предоставления субсидий за счет ассигнований федерального бюджета на реализацию мероприятий Программы определяются Правительством Российской Федерации.