Министерство сельского хозяйства Российской Федерации является государственным заказчиком и в ходе выполнения Программы:
осуществляет координацию деятельности исполнителей в ходе реализации Программы;
осуществляет нормативное, правовое и методическое обеспечение реализации мероприятий Программы;
несет ответственность за своевременную и качественную реализацию мероприятий Программы и достижение ее результатов;
организует текущее управление и обеспечивает эффективное использование средств, выделяемых на реализацию Программы;
анализирует эффективность использования в ходе реализации Программы ассигнований федерального бюджета, средств бюджетов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований и средств внебюджетных источников;
организует мониторинг хода реализации Программы и достижения ее целевых индикаторов и показателей;
подготавливает и направляет в Министерство экономического развития Российской Федерации ежеквартальные и ежегодные доклады о ходе реализации Программы;
осуществляет подготовку предложений по объемам и условиям предоставления субъектам Российской Федерации ассигнований федерального бюджета для реализации Программы и взаимодействует с федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации;
ежегодно с учетом выделяемых на реализацию Программы средств уточняет целевые показатели и затраты по мероприятиям Программы, механизм ее реализации и состав исполнителей, а также при необходимости вносит в Министерство экономического развития Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации и Министерство образования и науки Российской Федерации (в части научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ) предложения о ее корректировке, продлении срока ее реализации или прекращении ее выполнения.
После завершения Программы государственный заказчик подготавливает доклад о выполнении Программы и об эффективности использования средств за весь период ее реализации и представляет его до 1 марта 2021 года в Правительство Российской Федерации, Министерство экономического развития Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации и Министерство образования и науки Российской Федерации.