Одна из важнейших проблем развития технологической базы экономики страны состоит в том, что потенциал научного задела, созданного в Советском Союзе и в последние десятилетия, практически исчерпан. Технологическое и социально-экономическое развитие страны в решающей степени зависит от формирования принципиально нового междисциплинарного научного задела, обеспечивающего научно-технологический прорыв по приоритетным направлениям научно-технологического развития страны.
В соответствии с этим Программа направлена на формирование научного задела, разработку и внедрение технологий по приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники в Российской Федерации, утвержденным Указом Президента Российской Федерации от 7 июля 2011 года N 899 "Об утверждении приоритетных направлений развития науки, технологий и техники в Российской Федерации и перечня критических технологий Российской Федерации":
индустрия наносистем;
энергоэффективность, энергосбережение, ядерная энергетика;
науки о жизни;
рациональное природопользование;
перспективные виды вооружения, военной и специальной техники;
информационно-телекоммуникационные системы;
безопасность и противодействие терроризму.