Система управления реализацией Программы базируется на принципах совместного участия представителей органов государственной власти, сторон социального партнерства, открытости и гласности при принятии управленческих решений.
Координатором реализации Программы является Министерство труда и социальной защиты Российской Федерации.
Федеральные органы исполнительной власти проводят мониторинг реализации мероприятий по повышению оплаты труда, предусмотренных в государственных программах и "дорожных картах" развития соответствующих отраслей социальной сферы и науки, по итогам которого представляют доклад в Правительство Российской Федерации.
Органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации проводят мониторинг выполнения мероприятий, направленных на повышение оплаты труда работников, определенных указами Президента Российской Федерации от 7 мая 2012 года N 597 и от 1 июня 2012 года N 761, в субъектах Российской Федерации, итоги которого рассматриваются региональными трехсторонними комиссиями по регулированию социально-трудовых отношений.
Координатор Программы один раз в полугодие подготавливает доклад о ходе реализации Программы и направляет его в Правительство Российской Федерации и Российскую трехстороннюю комиссию по регулированию социально-трудовых отношений.