6.1. Управление осуществляет контроль (надзор) за деятельностью и координацию работы территориальных органов государственного морского и речного надзора за исполнением и реализацией основных функций и полномочий.
6.2. Управление по вопросам, отнесенным к его полномочиям, взаимодействует с руководством, структурными подразделениями и территориальными органами Службы, а также с подразделениями федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления, общественными объединениями, международными и другими организациями.
6.3. Управление в установленном порядке взаимодействует с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности.
6.4. Управление по поручению руководителя Службы по вопросам, отнесенным к компетенции Управления, представляет интересы Службы в органах государственной власти Российской Федерации и субъектов Российской Федерации.