3.1. Управление в соответствии с возложенными на него задачами осуществляет контроль и надзор за соблюдением законодательства Российской Федерации, в том числе международных договоров Российской Федерации:
3.1.1. о торговом мореплавании;
3.1.2. о внутреннем водном транспорте Российской Федерации;
3.1.3. о морских портах;
3.1.4. о безопасности гидротехнических сооружений;
3.2. государственный надзор за деятельностью организаций, осуществляющих лоцманскую проводку судов на подходах к морским портам, в пределах акватории морских портов, между морскими портами, а также в открытом море;
3.3. расследование аварий или инцидентов на море;
3.4. расследование транспортных происшествий на внутреннем водном транспорте;
3.5. контроль деятельности капитанов морских портов по осуществлению ими контроля и надзора за обеспечением безопасности судоходства и порядка в порту;
3.6. государственный надзор за деятельностью организаций, осуществляющих лоцманскую проводку судов по внутренним водным путям Российской Федерации;
3.7. осуществляет непосредственно и через территориальные органы разрешительные, контрольные (надзорные) функции, в соответствии с законодательством Российской Федерации, на морском и внутреннем водном транспорте;
3.8. согласование выдачи разрешения на выполнение работ по прокладке подводных кабелей и трубопроводов во внутренних морских водах и в территориальном море Российской Федерации;
3.9. согласование строительства в зоне действия средств навигационной обстановки морских путей;
3.10. согласование выдачи разрешения на создание, эксплуатацию и использование искусственных островов, сооружений и установок во внутренних морских водах и в территориальном море Российской Федерации;
3.11. согласование проекта разрешения на создание искусственного земельного участка на водном объекте, находящемся в федеральной собственности;
3.12. подготовка документов руководству Службы:
3.12.1. для принятия решения по предоставлению лицензий, переоформлению документов, подтверждающих наличие лицензий, приостановлению действия лицензий в случае административного приостановления деятельности лицензиатов за нарушение лицензионных требований и условий, возобновлению или прекращению действия лицензий, аннулированию лицензий, выдачи дубликатов и копий лицензий;
3.12.2. для принятия решения по выдаче иных разрешительных документов в установленной сфере деятельности, предусмотренных законодательством Российской Федерации и международными договорами Российской Федерации, удостоверяющих право юридических и физических лиц осуществлять определенные виды деятельности и (или) конкретные действия;
3.13. осуществляет согласование кандидатов к назначению на должность и к освобождению от должности начальников территориальных органов;
3.14. непосредственно и через территориальные органы участвует в работе по определению технического состояния (комиссованию) судов, используемых для перевозок высших должностных лиц Российской Федерации и иностранных государств;
3.15. непосредственно и через территориальные органы осуществляет контроль за соблюдением предприятиями и организациями морского и внутреннего водного транспорта независимо от форм собственности и ведомственной принадлежности лицензионных требований и условий;
3.16. Управление обеспечивает надзор за деятельностью капитанов бассейнов внутренних водных путей по осуществлению государственного портового контроля.
3.17. осуществляет в установленном порядке:
3.17.1. утверждение критериев безопасности гидротехнического сооружения;
3.17.2. утверждение Деклараций безопасности гидротехнического сооружения.
3.17.3. проведение необходимых расследований, испытаний, экспертиз, анализов и оценок, а также научных исследований по вопросам осуществления контроля и надзора в сфере морского и внутреннего водного транспорта;
3.17.4. присвоение рейсам морских судов, судов внутреннего и смешанного (река-море) плавания при перевозке высших должностных лиц Российской Федерации и иностранных государств определенного Федеральной службой охраны Российской Федерации статуса литерных;
3.17.5. прием граждан, обеспечивает своевременное и полное рассмотрение устных и письменных обращений граждан, принятие по ним решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок;