Определены два основных сценария бюджетного финансирования:
1. Первый сценарий (пороговый или минимально-допустимый) базируется на минимально допустимых объемах финансирования научных исследований и экспериментальных разработок гражданского назначения, определенных на совместном заседании Совета Безопасности Российской Федерации, Президиума Государственного Совета Российской Федерации и Совета при Президенте Российской Федерации по науке и высоким технологиям 20 марта 2002 года. Сверх этих объемов также учтены минимально необходимые расходы на поддержку инновационной инфраструктуры (особые экономические зоны технико-внедренческого типа, технопарки, региональные венчурные фонды и т.д.). Данный сценарий рассматривается как возможный только в случае критически неблагоприятных макроэкономических условий развития российской экономики и является нижним пределом финансирования Стратегии в области науки и инноваций.
2. Второй сценарий (рациональный) сочетает в себе разумную консервативность в увеличении бюджетных расходов по реализации Стратегии (по данному сценарию объем расходов из федерального бюджета на 2006-2015 годы больше минимально допустимого объема по первому сценарию на 32%) и ресурсную обеспеченность сбалансированного решения, по крайней мере, ключевых задач данной Стратегии. Затраты на реализацию Стратегии в рациональном сценарии определены, исходя из (1) потребности в восстановлении опережающего развития фундаментальной науки и ее ресурсного обеспечения, (2) необходимости концентрации ресурсов на формировании "технологических коридоров", обеспечивающих целостность национальной инновационной системы, капитализацию результатов исследований и разработок; (3) актуальности задач ускоренного развития инновационной инфраструктуры и формирования цивилизованных институтов в инновационной сфере.
Помимо средств федерального бюджета, финансирование мероприятий Стратегии в области развития науки и инноваций осуществляется за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации и из внебюджетных источников.
Объемы финансирования мероприятий Стратегии за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации определены исходя из прогнозных оценок рационального уровня расходов регионов на формирование и поддержку объектов инновационной инфраструктуры, развитие малого и среднего инновационного предпринимательства, реализацию региональных приоритетов инновационного и технологического развития.
Объемы финансирования Стратегии из внебюджетных источников определены на основе прогнозных значений доли внебюджетных средств во внутренних затратах на исследования и разработки с учетом ожидаемого позитивного эффекта реализации мер Стратегии по развитию частно-государственного партнерства в научно-инновационной сфере и стимулированию спроса на инновации в предпринимательском секторе.
Общая сумма расходов на реализацию Стратегии в области развития науки и инноваций (2006-2015 годы) в соответствии с рациональным сценарием составляет в ценах текущих лет 4053,5 млрд.руб., объем расходов из федерального бюджета составляет 2688,3 млрд.руб., бюджетов субъектов Российской Федерации - 257,1 млрд.руб., внебюджетных источников - 1107,1 млрд.руб. При этом не учитываются самостоятельно производимые субъектами Российской Федерации и хозяйствующими субъектами расходы на науку и инновации, не связанные непосредственно с софинансированием мероприятий по реализации Стратегии.
В основу представления данных по финансированию Стратегии положена структура разделов и подразделов, ориентированная на отражение содержания основных приоритетов в ходе реализации Стратегии и соответствия запланированных расходов решению поставленных задач.
В ресурсном обеспечении реализации Стратегии используется принцип опережающего роста бюджетных расходов на фундаментальные исследования. При этом на начальном этапе это в большей степени связано с решением задачи повышения оплаты труда научных сотрудников, а в последующем - с решением задач обновления научной, приборной и испытательной базы.
Предполагается, что с 2007 года будут сформированы 4-6 целевых программ технологического профиля, ориентированных на эффективную коммерциализацию и распространение в экономике передовых технологий. Основным инструментом реализации данных программ станут объектно-ориентированные мегапроекты. Финансирование прикладных разработок будет консолидироваться в рамках этих программ. В то же время предусматривается умеренный рост расходов на прикладные разработки, не вошедшие в эти "прорывные" программы, в интересах формирования "инновационного пояса" в академическом секторе и обеспечении перехода от экспорта знаний к экспорту технологий.
Динамичное расширение расходов по реализации предметно-ориентированных мегапроектов призвано обеспечить достаточно широкую технологическую базу для реализации федеральных и ведомственных целевых программ технологического профиля в 2007-2011 годах, а также для определения возможных направлений увеличения числа и масштабирования "технологических коридоров" с 2011-2012 годов.
Основные затраты по развитию инновационной инфраструктуры связаны с развитием системы венчурного финансирования и формированием технико-внедренческих зон, технопарков и инновационно-технологических центров.