Основными задачами СКО являются:
2.1. Осуществление государственного санитарного надзора за проведением санитарно-гигиенических и санитарно-противоэпидемических мероприятий, соблюдением на судах и в портах санитарно-гигиенических и противоэпидемических правил и норм.
2.2. Организация и осуществление мероприятий по профилактике возникновения и предотвращению распространения по водным путям сообщения инфекционных заболеваний, в том числе заболеваний, на которые распространяются Правила санитарной охраны территории СССР.