Минфин России в письме от 25 декабря 2007 года N 03-07-11/643 разъяснил, что статьей 143 НК РФ исключений из числа налогоплательщиков для бюджетных учреждений не предусмотрено. В связи с этим при осуществлении бюджетными учреждениями операций по реализации товаров (работ, услуг), подлежащих налогообложению налогом на добавленную стоимость, налог следует уплачивать в бюджет в порядке, установленном главой 21 НК РФ.
Большинство судов придерживается аналогичной с официальной позицией. Так, в постановлении от 22 января 2010 года N А56-24676/2009 ФАС Северо-Западного округа, поддерживая выводы нижестоящих судебных инстанций, отмечает, что поскольку статьей 143 НК РФ не предусмотрено каких-либо исключений для некоммерческих организаций, бюджетные учреждения, входящие в состав некоммерческих организаций, также являются плательщиками НДС и, следовательно, обязаны выполнять функции по исчислению и уплате налога, формированию и сдаче отчетности.
Как следует из постановления ФАС Северо-Западного округа от 9 июня 2011 года N А56-39778/2010, по мнению налогового органа, у организации отсутствуют правовые основания для применения заявленного налогового вычета по операции передачи организации имущества войсковой частью в счет работ по капитальному ремонту военной техники, поскольку при передаче имущества, являющегося федеральной собственностью, закрепленного за войсковой частью, не происходит реализация товара по смыслу статей 39 и 146 НК РФ. Налоговый орган указывает, что в силу статей 120, 296 и 298 ГК РФ бюджетное учреждение не вправе отчуждать либо иным образом распоряжаться имуществом, закрепленным за ним собственником, а также что в соответствии со статьей 143 НК РФ Российская Федерация, публично-правовые образования не являются плательщиком налога на добавленную стоимость.
Суд, исследовав обстоятельства дела, пришел к выводу о том, что контракт по передаче имущества в счет ремонта другого имущества, принадлежащего заказчику, является реализацией в смысле пункта 1 статьи 39 НК РФ, а поскольку согласно статье 146 НК РФ объектом обложения налогом на добавленную стоимость признается реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, операция по передаче имущества организации является объектом обложения налогом на добавленную стоимость.
При этом судом принято во внимание, что в контракте стоимость имущества указана сторонами с учетом налога на добавленную стоимость, а Министерство обороны РФ обладает правом заключать контракты по реализации имущества со сторонними организациями.
При изложенных обстоятельствах суд сделал вывод о том, что налоговым органом не представлены доказательства, свидетельствующие о необоснованности заявленных организацией вычетов по налогу на добавленную стоимость, и правомерно признал оспариваемое решение налогового органа недействительным.
В то же время в судебной практике встречаются решения с другими выводами. Так, ФАС Западно-Сибирского округа в постановлении от 11 января 2006 года N Ф04-9272/2005(18260-А45-37) указал, что в соответствии со статьями 143, 246 БК РФ для бюджетных учреждений платные формы деятельности не рассматриваются в качестве предпринимательской, если доход от них реинвестируется в уставную деятельность учреждения, такие бюджетные учреждения не являются плательщиками налогов на прибыль и добавленную стоимость.