Контроль за ходом реализации Программы осуществляет Министерство образования и науки Российской Федерации как государственный заказчик - координатор Программы.
Для обеспечения контроля за выполнением обязательств исполнителями Программы и мониторинга эффективности ее реализации Министерство образования и науки Российской Федерации на конкурсной основе отбирает организацию, осуществляющую организационно-техническое и информационно-аналитическое сопровождение Программы. На выполнение указанных функций предусматривается не более 10 процентов средств федерального бюджета, выделяемых на реализацию Программы.