Комплексное управление реализацией Стратегии осуществляет Министерство сельского хозяйства Российской Федерации, которое:
определяет наиболее эффективные формы и порядок организации работ по выполнению Стратегии;
осуществляет согласование объемов финансирования на очередной финансовый год и весь период реализации Стратегии;
координирует работу исполнителей мероприятий Стратегии;
обеспечивает контроль за ходом реализации Стратегии, в том числе за эффективным и целевым использованием выделяемых финансовых средств, за качеством проводимых мероприятий Стратегии и выполнением сроков их реализации;
осуществляет сбор информации (отчетов) о ходе выполнения мероприятий Стратегии, подготавливает и в установленном порядке представляет в Правительство Российской Федерации сведения об их реализации.
Оценку эффективности реализации мероприятий Стратегии целесообразно проводить на основе использования целевых индикаторов, которые позволяют отслеживать динамику развития отраслей пищевой промышленности на протяжении всего периода реализации Стратегии.