Основными системными проблемами, характерными для всех отраслей пищевой и перерабатывающей промышленности, являются:
недостаток сельскохозяйственного сырья с определенными качественными характеристиками для промышленной переработки;
моральный и физический износ технологического оборудования, недостаток производственных мощностей по отдельным видам переработки сельскохозяйственного сырья;
низкий уровень конкурентоспособности российских производителей пищевой продукции на внутреннем и внешнем продовольственных рынках;
неразвитая инфраструктура хранения, транспортировки и логистики товародвижения пищевой продукции, обеспечивающая в том числе учреждения социальной сферы;
недостаточное соблюдение экологических требований в промышленных зонах организаций пищевой промышленности;
высокая волатильность цен на сельскохозяйственное сырье (зерно, мясо, масличные).
Модернизация пищевой и перерабатывающей промышленности за последние годы осуществляется в основном на базе импортируемого технологического оборудования, что создает дополнительные риски по развитию отраслей промышленности.
Увеличение производства продукции животноводства и растениеводства в рамках реализации Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2008-2012 годы выявило наличие диспропорций в объемах производства сырья и имеющихся производственных мощностей по его своевременной переработке. Прежде всего это относится к свеклосахарному подкомплексу, для сбалансированного развития которого необходимы инвестиции в размере более 120 млрд. рублей.
Недостаточное использование рыбоперерабатывающих мощностей в целом по стране на фоне увеличения добычи водных биоресурсов (с 3348,7 тыс. тонн в 2008 году до 4296,8 тыс. тонн в 2013 году) определяется сезонностью добычи водных биоресурсов и неравномерностью обеспечения сырьем рыбоперерабатывающих организаций.
Слабая материально-техническая база многих организаций пищевой и перерабатывающей промышленности и неразвитая инфраструктура хранения, транспортировки и холодильной обработки скоропортящегося сырья и продовольствия не позволяют комплексно перерабатывать исходное сырье и создавать оптимальные условия для хранения, что приводит к дополнительным потерям, снижению безопасности и качества.
Отсутствие достаточных финансовых средств у организаций пищевой и перерабатывающей промышленности тормозит внедрение ресурсосберегающих безотходных технологий, диверсификацию производства, возможность решать проблемы, связанные с защитой окружающей среды.
Ситуация еще более осложняется вступлением страны во Всемирную торговую организацию, когда свобода действий в части защиты внутреннего рынка страны и финансовой поддержки производителей будет ограничена правилами этой организации и принятыми Россией обязательствами.
Принимаемые меры по развитию пищевой и перерабатывающей промышленности, товаропроводящей и логистической инфраструктуры агропродовольственного рынка должны быть ориентированы на решение основных системных проблем, формирование нового промышленного потенциала, модернизацию и развитие инноваций в отраслях пищевой и перерабатывающей промышленности, повышение качества жизни различных социальных слоев населения.