Организационно-методическое управление реализацией Программы осуществляет государственный заказчик в лице Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.
Министерство сельского хозяйства Российской Федерации обеспечивает согласованные действия по подготовке и реализации программных мероприятий.
Ответственным за реализацию Программы, достижение целей и задач, утвержденные индикаторы цели, показатели задач и мероприятий является Департамент сельского развития и социальной политики (Депагроразвитие), курирующий данное направление.
Мониторинг за ходом реализации Программы и координацию деятельности подразделений Минсельхоза России, учреждений и организаций, участвующих в реализации Программы и их согласованные действия по реализации программных мероприятий осуществляет Департамент экономики и анализа (Депэкономика).
Организацию научно-методологического обеспечения реализации Программы и оказания консультационной помощи осуществляет Департамент научно-технологической политики и образования (Депнаучтехполитика).
Финансирование программных мероприятий осуществляет Департамент финансов и бюджетной политики (Депфинансы) по представлению Депэкономики.
Ответственными за формирование отчетности о ходе реализации Программы являются Депэкономика, Депагроразвитие, Депфинансы.
Минсельхоз России обеспечивает в установленном порядке представление необходимой информации о ходе работ Программы и об эффективности использования финансовых средств.
Субъекты Российской Федерации в соответствии с заключенными с Министерством сельского хозяйства Российской Федерации соглашениями о реализации мероприятий по поддержке начинающих фермеров обязуются обеспечить соответствие значений показателей, устанавливаемых региональной (муниципальными) программами значениям показателя результативности предоставления субсидий установленным указанным соглашением.