Документооборот состоит из нескольких основных неделимых этапов передачи информации между субъектами (транзакций). В рамках каждой транзакции передается всегда только один файл - транспортный контейнер - пакет документов, представляющий из себя один архивный файл. Документы в рамках транзакции, в том числе и служебные документы, передаются подписанными электронными подписями и зашифрованными, а файл-описатель - в открытом виде с электронной подписью, если в описании конкретного типа документооборота не оговорен иной вариант.
Документооборот при обработке может содержать несколько транзакций. Типовому содержанию транзакций соответствуют:
отправитель передает по телекоммуникационным каналам связи пакет документов Получателю;
получатель по результатам проверки документов, их электронных подписей и сертификатов направляет Отправителю электронный документ фиксированного формата, содержащий положительный или отрицательный ответ на пакет документов Отправителя.