Основой для организации научно-исследовательской деятельности на особо охраняемых природных территориях является система приоритетов, вырабатываемая с учетом природной специфики каждой территории, а также потенциальных потребностей соответствующих органов исполнительной власти в получении научной информации.
Направления работы штатного научного и научно-технического персонала заповедников и национальных парков должны быть ориентированы на осуществление мониторинга состояния природных комплексов и объектов, а также на научное обеспечение деятельности по их сохранению.
Для дальнейшего развития научно-исследовательской деятельности в заповедниках и национальных парках необходимо:
рассматривать в качестве приоритетов работы осуществление комплексного экологического мониторинга природных экосистем, составление аннотированных списков видов флоры и фауны, наблюдение за состоянием популяций и изучение экологии редких видов растений и животных, а также иных видов, имеющих хозяйственную значимость, разработку мер по сохранению и восстановлению природных и историко-культурных комплексов и объектов, научное обеспечение организации экологического просвещения, познавательного туризма и рекреационного обслуживания посетителей;
разработать и внедрить единую систему сбора, хранения, обработки и использования научной информации, поступающей из заповедников и национальных парков;
развивать практику создания геоинформационных систем и связанных с ними баз данных, полученных в ходе инвентаризации и мониторинга природных ресурсов, для использования при принятии решений в сфере управления особо охраняемыми природными территориями;
уделять особое внимание поддержке и стимулированию деятельности молодых ученых, работающих в заповедниках и национальных парках.