Реализация Стратегии осуществляется через формирование стратегий и программ социально-экономического развития субъектов Российской Федерации, входящих в Северо-Западный федеральный округ, реализацию совместных проектов и мероприятий, учет основных ориентиров Стратегии в перспективных стратегических разработках, бизнес-планах и инвестиционных проектах на территории округа.
Для контроля за ходом реализации Стратегии осуществляется мониторинг на основе действующей статистической отчетности.
Система государственного и муниципального управления на региональном уровне должна быть направлена на создание стимулов для внедрения инструментов стратегического планирования и бюджетирования, ориентированного на конечный результат - повышение уровня и качества жизни населения. Необходимо совершенствовать механизмы административного регулирования и управления, взаимоотношений субъектов Российской Федерации, входящих в состав Северо-Западного федерального округа, друг с другом и с органами местного самоуправления, а также развития государственно-частного партнерства.
Необходимыми условиями модернизации и инновационного развития экономики Северо-Западного федерального округа в целом и субъектов Российской Федерации, входящих в состав округа, являются разработка и реализация региональных целевых программ и комплекса обеспечивающих внепрограммных мероприятий, направленных на решение проблемных ситуаций и приоритетных задач. В этих программах должны быть обозначены сроки и этапы реализации мероприятий, общая потребность в ресурсах и источниках финансирования, ожидаемые результаты реализации мероприятий и количественные показатели, соответствующие методике государственного статистического наблюдения.