Сотрудники департаментов Комиссии пользуются на территориях Сторон привилегиями и иммунитетами, установленными Конвенцией о привилегиях и иммунитетах Евразийского экономического сообщества от 31 мая 2001 года для должностных лиц и сотрудников Секретариата Интеграционного Комитета Евразийского экономического сообщества.
Советом Комиссии может быть принято решение о снятии привилегий и иммунитетов с сотрудников Комиссии по основаниям, предусмотренным указанной Конвенцией.