Коллегия Комиссии является исполнительным органом Комиссии, осуществляющим выработку предложений в сфере дальнейшей интеграции в рамках Таможенного союза и Единого экономического пространства. Коллегия Комиссии состоит из 9 членов, один из которых является Председателем Коллегии Комиссии.
Коллегия Комиссии осуществляет руководство департаментами Комиссии.