Коллегия Комиссии обеспечивает реализацию следующих функций и полномочий:
осуществляет выработку предложений в сфере интеграции в рамках Таможенного союза и Единого экономического пространства, включая разработку и реализацию основных направлений интеграции;
принимает решения и рекомендации;
исполняет решения, принятые Высшим Евразийским экономическим советом, и решения, принятые Советом Комиссии;
осуществляет мониторинг и контроль за исполнением международных договоров, составляющих договорно-правовую базу Таможенного союза и Единого экономического пространства;
осуществляет мониторинг и контроль за исполнением Сторонами решений Комиссии;
направляет Сторонам обязательные для исполнения уведомления об устранении нарушений при исполнении международных договоров и решений Комиссии;
ежегодно отчитывается в Совете Комиссии о реализации основных направлений интеграции;
разрабатывает рекомендации по вопросам формирования, функционирования и развития Таможенного союза и Единого экономического пространства;
обеспечивает реализацию полномочий Комиссии по вопросам, отнесенным к ее компетенции;
подготавливает экспертные заключения в письменном виде на поступившие в Комиссию предложения Сторон;
оказывает содействие Сторонам в урегулировании споров в рамках Таможенного союза и Единого экономического пространства до обращения в Суд Евразийского экономического сообщества;
обеспечивает представление интересов Комиссии в судебных инстанциях, включая Суд Евразийского экономического сообщества;
осуществляет в пределах своих полномочий взаимодействие с органами государственной власти Сторон;
осуществляет разработку проекта бюджета Комиссии и его исполнение, а также подготовку проектов отчетов о его исполнении;
разрабатывает проекты международных договоров и решений Комиссии, принимаемых Советом Комиссии, а также иные документы, необходимые для реализации полномочий Комиссии;
создает консультативные органы при Коллегии Комиссии;
обеспечивает проведение заседаний Совета Комиссии и Высшего Евразийского экономического совета;
представляет в Совет Комиссии предложения о снятии привилегий и иммунитетов с должностных лиц и сотрудников Комиссии, предоставляемых Конвенцией о привилегиях и иммунитетах Евразийского экономического сообщества от 31 мая 2001 года;
осуществляет руководство представительствами Комиссии;
размещает заказы и заключает договоры на поставку товаров, выполнение работ и оказание услуг для нужд Комиссии в порядке, установленном положением, утверждаемым Советом Комиссии по представлению Коллегии Комиссии;
обеспечивает соблюдение порядка работы с документами ограниченного распространения (конфиденциальные и для служебного пользования), утверждаемого Советом Комиссии по представлению Коллегии Комиссии.
Коллегия Комиссии имеет право запрашивать у органов власти Сторон, юридических и физических лиц информацию, необходимую для осуществления Комиссией своих полномочий.