Департаменты Комиссии реализуют следующие функции:
а) осуществляют подготовку материалов, проектов решений и рекомендаций по вопросам формирования и функционирования Таможенного союза и Единого экономического пространства, в том числе предложений по заключению и изменению международных договоров, для рассмотрения членами Коллегии Комиссии;
б) осуществляют мониторинг соблюдения Сторонами положений международных договоров, составляющих договорно-правовую базу Таможенного союза и Единого экономического пространства, исполнения решений, принятых Высшим Евразийским экономическим советом, Советом Комиссии и членами Коллегии Комиссии, для представления результатов на рассмотрение членам Коллегии Комиссии;
в) осуществляют подготовку предложений членам Коллегии Комиссии по результатам мониторинга и анализа законодательства каждой из Сторон в сферах, регулируемых договорно-правовой базой Таможенного союза и Единого экономического пространства;
г) осуществляют подготовку проектов международных договоров и иных документов, необходимых для формирования и функционирования Таможенного союза и Единого экономического пространства;
д) взаимодействуют с органами государственной власти Сторон;
е) разрабатывают проект бюджета Комиссии и его исполнение, а также осуществляют подготовку проектов отчетов о его исполнении;
ж) обеспечивают выполнение Комиссией функций депозитария международных договоров, заключенных в рамках Таможенного союза и Единого экономического пространства;
з) осуществляют иные функции, определенные международными договорами, формирующими договорно-правовую базу Таможенного союза и Единого экономического пространства, решениями Высшего Евразийского экономического совета, решениями Комиссии и членами Коллегии Комиссии, в том числе направленные на организацию их работы и информационно-техническое обеспечение деятельности Комиссии.