Совет Комиссии осуществляет общее регулирование интеграционных процессов в Таможенном союзе и Едином экономическом пространстве, а также осуществляет общее руководство деятельностью Комиссии.
В Совет Комиссии входят по одному представителю от каждой Стороны, являющемуся заместителем главы правительства, наделенному необходимыми полномочиями в соответствии с законодательством соответствующей Стороны.
Стороны уведомляют друг друга, а также Коллегию Комиссии о представителе в Совете Комиссии в порядке, установленном Регламентом.