Комиссия состоит из Совета Комиссии и Коллегии Комиссии. Порядок деятельности Совета Комиссии и Коллегии Комиссии регулируется Регламентом работы Евразийской экономической комиссии (далее - Регламент), утверждаемым Высшим Евразийским экономическим советом на уровне глав государств.
В рамках своей деятельности Комиссия вправе образовывать структурные подразделения (далее - департаменты Комиссии), представительства Комиссии в Сторонах, по решению Высшего Евразийского экономического совета на уровне глав государств - в третьих странах и их объединениях, а также при международных организациях.
Комиссия пользуется правами юридического лица.