При Комиссии создается Координационный совет, который организует свою деятельность в соответствии с Положением о Координационном совете, утверждаемым Межгосударственным Советом Евразийского экономического сообщества (Высшим органом Таможенного союза) на уровне глав правительств, и регламентом Координационного совета, утверждаемым Комиссией.
Основными задачами Координационного совета являются:
выработка решений для обеспечения информационной безопасности учетных систем и общей инфраструктуры документирования информации в электронном виде;
выработка состава компонентов общей инфраструктуры документирования информации в электронном виде на основе межгосударственных стандартов государств - участников Содружества Независимых Государств, международных стандартов и рекомендаций;
координация разработки и апробирования типовых информационно-технологических решений и программно-аппаратных комплексов в рамках общей инфраструктуры документирования информации в электронном виде;
координация разработки правил документирования информации в электронном виде, единой политики безопасности и регламентов работы отдельных компонентов и служб общей инфраструктуры документирования информации в электронном виде, а также рекомендаций по их применению для субъектов электронного взаимодействия;
подготовка рекомендаций для гармонизации законодательства государства каждой из Сторон при использовании электронных документов во внешней и взаимной торговле на единой таможенной территории Таможенного союза, а также для унификации интерфейсов информационного взаимодействия между учетными системами.
Членами Координационного совета являются уполномоченные представители государств Сторон и Секретариата Комиссии. Для работы в рамках Координационного совета могут привлекаться специалисты и эксперты государств Сторон.
Финансовое обеспечение командировочных расходов членов Координационного совета, а также специалистов и экспертов государств Сторон, привлекаемых для участия в работе Координационного совета, осуществляется направляющими государственными органами государств Сторон.
Заседания Координационного совета проводятся в Секретариате Комиссии.
Научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, необходимые для реализации положений настоящего Соглашения, обеспечиваются Комиссией.