В состав проекта входит ряд элементов разного формата и уровня управления, реализующих различные задачи - администрация Томской области и администрация г.Томска, федеральные органы исполнительной власти, образовательные учреждения высшего профессионального образования, институты Томского научного центра Сибирского отделения Российской академии наук и Томского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук, особая экономическая зона технико-внедренческого типа г.Томска, объекты научной и инновационной инфраструктуры, институты развития, инновационные компании, финансовые организации, а также объекты транспортной и социальной инфраструктуры. Следовательно, организационная схема и схема управления проектом требуют формирования взаимосвязей и координации развития для эффективного использования потенциала всех входящих в проект элементов.
Предполагается создание управляющего органа, осуществляющего руководство проектом и несущего ответственность за его результаты.
В работе управляющего органа используются следующие основные принципы:
стратегическое управление проектом, включая согласование и практическое сочетание интересов основных участников проекта;
общественное обсуждение проекта;
создание условий для привлечения инвестиций и реализации проектов государственно-частного партнерства для развития элементов инфраструктуры;
создание институциональных условий для развития сектора инновационных компаний, оказывающего существенное влияние на экономику Томской области;
мотивация успешной реализации проекта;
разработка инструментов управления проектом для координации деятельности входящих в проект элементов;
эффективное управление в рамках полномочий бюджетом проекта, контроль за целевым использованием средств и формирование отчетности.
Контроль за реализацией проекта осуществляется через мониторинг хода и результатов мероприятий по созданию Центра с ежегодным представлением доклада в Правительство Российской Федерации.