Комплексное управление Программой и распоряжение средствами федерального бюджета осуществляет субъект бюджетного финансирования - Минсельхоз России.
Система управления реализацией Программы:
- ответственными за реализацию Программы в целом, достижение целей, задач Программы, индикаторов цели, показателей задач и мероприятий, утвержденных в программе, являются Департамент животноводства и племенного дела и Департамент экономики и анализа;
- координацию деятельности подразделений Минсельхоза России, учреждений и организаций, участвующих в реализации Программы и их согласованные действия по реализации программных мероприятий, осуществляет Департамент экономики и анализа и Департамент животноводства и племенного дела;
- реализацию каждого мероприятия Программы и соответственно реализацию Программы в целом, осуществляет Департамент животноводства и племенного дела и заинтересованные департаменты Минсельхоза России;
- финансирование программных мероприятий осуществляет Департамент экономики и анализа и Департамент финансов и бюджетной политики;
- мониторинг реализации Программы осуществляют Департамент животноводства и племенного дела, Департамент экономики и анализа, Департамент научно-технологической политики и образования;
- ответственным за формирование отчетности о ходе реализации Программы являются Департамент животноводства и племенного дела, Департамент экономики и анализа и Департамент финансов и бюджетной политики.
Финансирование предусмотренных Программой мероприятий будет осуществляться в пределах средств федерального бюджета, предусмотренных Минсельхозу России Федеральным законом "О федеральном бюджете на 2012 год, на плановый период на 2013 и 2014 годов" и на последующие годы, на основании постановлений Правительства Российской Федерации от 20.12.2010 N 1069 "Об утверждении правил предоставления субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на поддержку овцеводства, северного оленеводства и табунного коневодства", от 18 декабря 2010 года N 1061 "О внесении изменений в постановление Правительства Российской Федерации от 31 января 2009 года N 79 "Об утверждении Правил распределения и предоставления в 2010 году субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на поддержку племенного животноводства" и от 17 декабря 2010 года N 1042 "Об утверждении Правил распределения и предоставления из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации субсидий на поддержку экономически значимых региональных программ развития сельского хозяйства субъектов Российской Федерации".
Правовые основания расходных обязательств федерального бюджета в финансировании обеспечения мероприятий Программы возникают в результате подписания соглашений между Минсельхозом России и субъектами Российской Федерации о включении последних в число участников Программы.