Проектирование, создание и эксплуатация КСИ финансируются за счет средств федерального бюджета, федеральных целевых и ведомственных программ, в том числе федеральной целевой программы "Электронная Россия", внебюджетных фондов, а также за счет российских и международных фондов, проектов, грантов и др.
Состав мероприятий, сроки их осуществления и объемы финансирования определяются программой работ по созданию и развитию КСИ.