Государственным заказчиком - координатором Программы является Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации. Государственными заказчиками Программы являются Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации, Министерство сельского хозяйства Российской Федерации, Федеральное агентство водных ресурсов, Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды и Федеральное агентство по рыболовству.