Распределение функций и взаимодействие органов управления реализацией Программы будут осуществляться в соответствии с порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594.
Текущее управление реализацией Программы и координацию взаимодействия государственных заказчиков Программы осуществляет государственный заказчик - координатор Программы - Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации.
Государственный заказчик - координатор Программы до начала реализации Программы утверждает положение об управлении реализацией Программы, определяющее порядок формирования организационно-финансового плана реализации Программы, механизмы корректировки мероприятий Программы и их ресурсного обеспечения в ходе ее реализации, процедуры предоставления государственными заказчиками государственному заказчику - координатору Программы отчетности о ходе и результатах реализации Программы, процедуры обеспечения открытости информации о достигнутых показателях реализации Программы, результатах мониторинга реализации Программы, мероприятиях Программы и об условиях участия в них исполнителей. В случае необходимости может быть создана в установленном порядке дирекция Программы.
Для обеспечения эффективного управления реализацией Программы и контроля за ходом ее выполнения Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации привлекает при необходимости внешних исполнителей по отдельным направлениям работ (независимая экспертиза, аудит, статистические исследования и др.).