Реализацию Программы планируется осуществить в 2012-2020 годах в 2 этапа.
Программа ориентирована на реализацию специальных мер природоохранного характера, направленных на снижение негативного воздействия на экологическую ситуацию на Байкальской природной территории и создание условий для использования ее уникального природного потенциала.
На первом этапе (2012-2015 годы) будут реализованы наиболее приоритетные мероприятия, на втором этапе (2016-2020 годы) остальные мероприятия.